我们在了解了膜结构的优点后，一起来了解一下膜结构的缺点，毕竟我们不能只看优点，不看缺点。
(1)耐久性差。一般的膜材使用寿命为15～25年，与传统的混凝土及钢材相比有较大的差距，与“百年大计”的设计理念不同。
(2)隔热性差。如果强调透光性，只能用单层膜，隔热性就差，因而冬天冷、夏天热，需要空凋。
(3)隔音效果较差。单层膜结构只能用于隔音要求不高的建筑。
(4)抵抗局部荷载能力差。屋面会在局部荷载作用下形成局部凹陷，造成雨水或雪的淤积，使屋盖在淤积处的荷载增加，可能导致屋盖撕裂(帐蓬结构)或翻转(充气结构)。
(5)充气结构还需要不停地送风，因此维护和管理特别重要。另外。气承式充气结构必须是密闭的空间，不宜开窗。
(6)环保问题。使用的膜材都是不可再生的，一旦达到使用年限，拆除的膜材便成为城市垃圾而无法处置，正在研制开发膜材的可回收利用，并已取得了一定的进展。
